Spoločnosť sa nachádza na južnom pobreží Islay – medzi Ardbegom a Laphroaigom. V roku 1816 ju v škótskom meste Port Ellen založil John Johnston. Do povedomia verejnosti sa dostal až v roku 1862, keď liehovar kúpil John Logan Mackie. Jeho synovec Peter J. Mackie podnikol v roku 1878 prvú z mnohých ciest na Islay, aby sa naučil tajomstvá destilácie a nakoniec prevzal výrobu v Lagavulin. Sir Peter Mackie bol jednou z popredných osobností whisky konca 19. storočia. V roku 1890 vytvoril zmes ,,White Horse“ a spoluzaložil liehovar Craigellachie – bol známy ako veľký inovátor. V roku 1908, podráždený zo straty práce v Laphroaig, Mackie postavil repliku liehovaru v Lagavuline a nazval ju Malt Mill. Výroba fungovala až do roku 1962 a hoci bola vytvorená tak, aby vznikala rovnaká zmes ako Laphroaig, ktorý je vzdialený len dve míle, nikdy sa tak nestalo a veľký úspech to nebol. Fiktívny sud ,,Malt Mill“ hral ústrednú úlohu v komédii filmového režiséra Kena Loacha The Angel's Share.

V dnešnej dobe je však situácia úplne iná – liehovar vyrába 24 hodín denne, 7 dní v týždni, aby sa držal krok s neustále rastúcim globálnym dopytom. Svet sa ,,zamiloval“ do dymu a Lagavulinu – zmesi morského pobrežia a slatiny, dymu z fajok, bažiny a bohatého tmavého ovocia, ktorá poteší mnohých nadšencov rašelinovej whisky. Aj keď sa skrátili časy fermentácie, čím sa do novej zmesi vniesol cereálny nádych, druhá destilácia zostáva extrémne dlhá, čím sa maximalizuje reflux (kondenzačný jav). Dozrievanie prebieha prevažne v dubových sudoch. V posledných rokoch však pre niektoré edície použili aj sudy po ,,sherry“ a tie boli vydané v malých šaržiach.